Όταν αποκεφαλίσθηκε από τον Ηρώδη ο Αγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος, η τιμία κεφαλή αυτού τοποθετήθηκε μέσα σε αγγείο από όστρακο και κρύφθηκε στην κατοικία του Ηρώδη. Μετά από πολλά χρόνια, ο Αγιος Ιωάννης φανερώθηκε στο όνειρο δύο μοναχών, οι οποίοι είχαν αναχωρήσει για τα Ιεροσόλυμα με σκοπό να προσκυνήσουν το τάφο του Κυρίου, αγγέλλοντας σε αυτούς που βρίσκεται η τιμία κεφαλή του. Κι εκείνοι, αφού την βρήκαν, την είχαν με τιμές. Από αυτούς την παρέλαβε κάποιος κεραμεύς και την μετέφερε στην πόλη των Εμεσηνών. Όταν όμως πέθανε την κληροδότησε στην αδελφή του. Και από τότε διαδοχικά περιήλθε σε πολλούς, για να καταλήξει στα χέρια κάποιου ιερομονάχου αρειανού που ονομαζόταν Ευστάθιος και εφύλαξε την τιμία κάρα σε σπήλαιο. Από εκεί, μεταφέρθηκε επί Ουάλεντος (364 – 378 μ.Χ.), στο Παντείχιον της Βιθυνίας μέχρι που ο Θεοδόσιος ο Μέγας (379 – 395 μ.Χ.) ανεκόμισε αυτή στο Έβδομο της Κωνσταντινουπόλεως, όπου ανέγειρε μέγα και περικαλλέστατο ναό.

Βεβαίως, περί της ευρέσεως της τιμίας κεφαλής του Προδρόμου υπάρχουν και άλλες αντιφατικές παραδόσεις. Κατ’ άλλη εκδοχή η τιμία κάρα βρέθηκε στην Έμεσα το 458 μ.Χ., επί βασιλείας Λέοντος Α΄ (457 – 474 μ.Χ.), ενώ άλλοι δέχονται ότι αυτή βρέθηκε το 760 μ.Χ. και μεταφέρθηκε στο ναό του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου στην Έμεσα. Από εκεί μετακομίσθηκε στην Κωνσταντινούπολη, επί βασιλείας Μιχαήλ Γ΄ (842 – 867 μ.Χ.) και πατριαρχίας Ιγνατίου.

Περί των ιερών λειψάνων του Τιμίου Προδρόμου βρίσκουμε ειδήσεις και σε διαφόρους χρονογράφους. Ο Ζωναράς αναφέρει ότι το 968 μ.Χ. ο Νικηφόρος Φωκάς βρήκε στην Έδεσσα της Μεσοποταμίας «βόστρυχον τοῦ Βαπτιστοῦ Ἰωάννου αἵματι περφυμένον», που μετακόμισε στην Κωνσταντινούπολη. Πέντε δε χρόνια νωρίτερα κόμισε στην Κωνσταντινούπολη από τη Βέροια της Συρίας, περί τον Απρίλιο του 963 μ.Χ., μέρος του ιματίου του Τιμίου Προδρόμου. Σύμφωνα με άλλη μαρτυρία ο Νικηφόρος Φωκάς βρήκε στην Κρήτη «τὸ ἔνδυμα τοῦ Προφήτου ἐκ τριχῶν καμήλου τυγχάνον καὶ περὶ τὸν τράχηλον ἠμαγμένον».

Η Σύναξη της ευρέσεως της Τιμίας Κεφαλής του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου ετελείτο στο Προφητείο του, που βρισκόταν στην τοποθεσία την ονομαζομένη Φωρακίου.