Αρκετοί είχαν την άποψη ότι ο Ιωάννης δεν πέθανε, αλλά μετατέθηκε στην άλλη ζωή, όπως ο Ενώχ και ο Ηλίας. Αφορμή γι’ αυτή την άποψη έδωσε το γνωστό ευαγγελικό χωρίο, Ιωάννου κα’ 22. Όμως, ο αμέσως επόμενος στίχος κα’ 23 διευκρινίζει τα πράγματα.

Η παράδοση που ασπάσθηκε η Εκκλησία μας είναι η έξης: Ο Ιωάννης σε βαθειά γεράματα πέθανε στην Έφεσο και τάφηκε έξω απ’ αυτή. Αλλά μετά από μερικές ήμερες, όταν οι μαθητές του επισκέφθηκαν τον τάφο, βρήκαν αυτόν κενό. Η Εκκλησία μας, λοιπόν, δέχεται ότι στον αγαπημένο μαθητή του Κυρίου συνέβη ότι και με την Παναγία μητέρα Του. Δηλαδή, ο Ιωάννης ναι μεν πέθανε και ετάφη, αλλά μετά τρεις ημέρες αναστήθηκε και μετέστη στην αιώνια ζωή, για την οποία ο ίδιος, να τί λέει σχετικά: «Ὁ ἔχων τὸν υἱὸν ἔχει τὴν ζωήν, ὁ μὴ ἔχων τὸν υἱὸν τοῦ Θεοῦ τὴν ζωὴν οὐκ ἔχει» (Α’ επιστολή Ιωάννου, ε’ 12). Εκείνος, δηλαδή, που είναι ενωμένος μέσω της πίστης με το Χριστό και τον έχει δικό του, έχει την αληθινή και αιώνια ζωή. Εκείνος, όμως, που δεν έχει τον Υιό του Θεού, να έχει υπ’ όψιν του πως δεν έχει και την αληθινή και αιώνια ζωή.