Κατά τον Μεσαίωνα η μαγεία συγκαταλεγόταν ανάμεσα στις επιστήμες. Οι άνθρωποι μιλούσαν .βέβαια, και για «μαγικές τέχνες», όπως και για «απόκρυφες τέχνες», αλλά η μαγεία θεωρούνταν μια απαγορευμένη τέχνη. Ο όρος «τέχνη» με την έννοια της επιδεξιότητας ήταν –τότε- ταυτόσημη με τον όρο «επιστήμη».
Μαγεία δεν εξασκούσαν μόνον οι πραγματικοί μάγοι, οι οποίοι επιδίωκαν να αποκτήσουν ιδιαίτερες ικανότητες και δύναμη με την βοήθεια των απαγορευμένων τεχνών, αλλά και επιστήμονες, που, στην προσπάθειά τους να αναπτύξουν τις φυσικές επιστήμες, έκαναν επιστημονικά πειράματα και έτσι ασχολήθηκαν και με τις μαγικές τέχνες. Αυτό το τελευταίο τους έφερε πολλές φορές αντιμέτωπους με την Εκκλησία και περισσότερο με την Ιερά Εξέταση.
Όσο αφορά, τώρα, την χριστιανική μαγεία, αναπτύχθηκε μια ιδιαίτερη μορφή επιτρεπτής ενασχόλησης με ό,τι ήταν υπερφυσικό. Οι σχολαστικοί θεολόγοι είχαν το δύσκολο έργο, αφ’ ενός του προσδιορισμού των επιτρεπτών από την Εκκλησία μαγικών πράξεων και αφ’ ετέρου την απαγόρευση κάθε μη χριστιανική μορφής σαν έργο του διαβόλου. Αυτό το πρόβλημα ήταν πολύ έντονο στις περιπτώσεις των θαυμάτων.
Φαινόμενα που η επίσημη Εκκλησία τα χαρακτήριζε σαν θαύματα και αποδείξεις για την παντοδυναμία του Θεού, όταν προέρχονταν από πιστούς ανιμιστικών λατρειών παρουσιάζονταν σαν έργα δαιμόνων.
Εκείνα τα χρόνια συνηθιζόταν να ανεγείρονται ναοί στους τόπους ειδωλολατρικών λατρειών, για να πάψουν-όπως πίστευαν- μέσω της δύναμης του Θεού οι «διαβολικές» τελετές.
Σημαντικό ρόλο έπαιξε η επίδραση της Ανατολής και ιδιαίτερα της Αραβίας. Καθώς η μαγεία σ’ αυτές τις περιοχές συγκαταλεγόταν στις απόκρυφες επιστήμες (μαζί με την αλχημεία, τη μαντική και την αστρολογία), έφτασε σαν μέρος της αραβικής σοφίας στα σπουδαστήρια του ευρωπαϊκού μεσαίωνα.
Πολλά αραβικά κείμενα αναφέρονταν με επιστημονικό τρόπο στις διάφορες μορφές της μαγείας. Ένα τέτοιο βιβλίο, το λεγόμενο Picatrix ή Ghayat al Hakim, επηρέασε την ερμητική φιλοσοφία μέχρι την εποχή της Αναγέννησης.
Υποστήριζε την άποψη ότι ο άνθρωπος έχει την ικανότητα με τη βοήθεια της επιστήμης, της μαγείας και, κυρίως με τη βοήθεια των λέξεων, της γλώσσας κι των διατυπώσεων, να μεταβάλλει την ίδια του την ύπαρξη.Μ’ αυτόν τον τρόπο ο άνθρωπος, το «μεσαίο όν», θα μπορούσε να εξελιχθεί σε κατώτερο ή ανώτερο όν.
Σύμφωνα πάντα με το βιβλίο, η μαγική γνώση περιλαμβάνει τρεις κλάδους: τη γνώση των φυλαχτών, τη γνώση των πλανητών και τη γνώση των επικλήσεων. Οι αστερισμοί θεωρούνταν ότι λειτουργούν σαν διαμεσολαβητές ανάμεσα στον άνθρωπο και στις ουράνιες μορφές.
Ο μάγος αναλάμβανε να χαράξει πάνω σ’ ένα υλικό αντικείμενο την αστρική μορφή που υποτίθεται ότι προέκυπτε από τα άστρα και από συγκεκριμένους αστερισμούς. Μ’ αυτόν τον τρόπο φτιάχνονταν τα φυλαχτά. Τα μέταλλα που χρησιμοποιούνταν, αλλά και τα σύμβολα που χαράσσονταν πάνω τους, αντιστοιχούσαν σε ένα πνεύμα, του οποίου τη δύναμη ήθελε να χρησιμοποιήσει ο άνθρωπος για δικό του όφελος.
Οι λόγιοι του Μεσαίωνα απέδιδαν πολύ μεγάλη αξία στο Picatrix, στο οποίο συνδυάζονταν η αστρολογία με την τελετουργική μαγεία.