Η μεσαιωνική Αθήνα υπέφερε πολύ συχνά από διάφορες επιδημίες, που ο απλός κόσμος αποκαλούσε «θανατικά». Ιδιαίτερα θανατηφόρες ήταν οι επιδημίες της πανώλης και, σύμφωνα με την παράδοση, μ’ αυτές συνδέονταν οι «κολώνες», απομεινάρια και σημάδια ταφής μετά από λιτανεία δύο νεαρών δαμαλιών για να αποτρέψουν την αρρώστεια. Μια τέτοια κολώνα ήταν και το περίφημο «κολωνάκι» του Κολωνακίου (από το οποίο πήρε και το όνομά της η περιοχή).
Ωστόσο, και μετά την Απελευθέρωση, και μέχρι το τέλος του 19ου αιώνα, η Αθήνα εξακολουθούσε να δοκιμάζεται από σοβαρές επιδημίες.
Το καλοκαίρι του 1835 προκλήθηκε ελονοσία, από τα λιμνάζοντα νερά στους δρόμους, με πολλά θύματα.
Το 1854 η πόλη δοκιμάστηκε άγρια από τη χολέρα, την οποία μετέδωσε ένα γαλλικό πλοίο κατά τη διάρκεια του αποκλεισμού του Πειραιά. Ξεκίνησε τον Ιούνιο από τον Πειραιά και το πρώτο κρούσμα στην Αθήνα εμφανίστηκε τον Σεπτέμβριο, στην οδό Λυσικράτους. Τα κρούσματα πλήθαιναν και η επικοινωνία με τον Πειραιά διακόπηκε μέχρι να κοπάσει η επιδημία.
Ωστόσο, τον Οκτώβριο επανήλθε δριμύτατη και εξαπλώθηκε, χτυπώντας και τους πλουσίους και επιφανείς κατοίκους της πρωτεύουσας (Γεώργιος Γεννάδιος, Παναγιώτης Αναγνωστόπουλος). Μέχρι να αντιμετωπισθεί μπήκε ο Δεκέμβριος και τα θύματα της Αθήνας υπερέβησαν τα 3.000 άτομα(συνολικός πληθυσμός τότε περί τις 25.000). Επειδή, λοιπόν, η αρρώστεια μεταδόθηκε από τους ξένους ναύτες ονομάστηκε «η Ξένη του 1854».
Ο Εμμανουήλ Λυκούδης στο διήγημά του που επιγράφεται Η ΞΕΝΗ ΤΟΥ 1854, γράφει:
«Το δρεπάνι της ακούραστης εργάτισσας του Θανάτου άρχισε να δουλεύη αλύπητα από τα 7 Νοεμβρίου. Αλλά η φρικτή καταστροφή, τόση όπου ανάλογα στο λίγο πληθυσμό που απόμεινε στας Αθήνας, σε καμμιά άλλη πόλη δεν έφερε ποτέ η χολέρα, εξέσπασε από τας δέκα του μηνός. Για πέντε ημέρες δεν ήταν πλειά επιδημία αυτή. Ήταν εξολοθρευμός∙ ολόκληρες γειτονιές στ ψυχομάχημα.
…Θλιβερό συναπάντημα, η μια λιτανεία έσμιγε με την άλλη, περισσότερο στις φτωχές συνοικίες της παλαιάς πόλεως, στον Άγιο Φίλιππο, στους Αγίους Αποστόλους, στους Αέρηδες, στη Βλασσαρού, στις συνοικίες της Πλάκας. Και ο θρήνος εμεγάλωνε, εφούσκωνε το κλάμμα…»
Έχει καταγραφεί και ένα ιλαροτραγικό επεισόδιο: ο γαλλικός στρατός προσέφερε μεγάλη αμοιβή σε όσους αναλάμβαναν να θάψουν τους νεκρούς. Μια μέρα, πέταξαν στο κάρο με τους χολεριασμένους και έναν κοιμώμενο μεθυσμένο. Όταν ξύπνησε και κατάλαβε πού βρισκόταν έβαλε τις φωνές, τρομάζοντας τους οδηγούς του κάρου, που τον πέρασαν για βρικόλακα και το έβαλαν στα πόδια…
Το 1881 έκανε την εμφάνισή του ο τύφος με εκατοντάδες νεκρούς. Πολλοί αποφάσισαν να εγκαταλείψουν την πόλη για να γλυτώσουν και πέντε χρόνια αργότερα οι ελώδεις πυρετοί κυριάρχησαν.