Τόλμησε να χρησιμοποιήσει χρώματα τέμπερας και λαδιού κατευθείαν σε βάση την οποία είχε αναμίξει στην πέτρα του τοίχου (τεχνική “σέκο”, σε ξερό γύψο). Στις παραδοσιακές τοιχογραφίες η τοποθέτηση των χρωμάτων γίνεται πάνω σε “φρέσκο” στρώμα ασβέστη, ώστε να μπορούν να διατηρηθούν καλύτερα. Ο καλλιτέχνης το προτίμησε για να απεικονίσει καλύτερα τις λεπτομέρειες. Όμως, η υγρασία προκάλεσε φθορές και μάλιστα πολύ σύντομα σ’ αυτή την πιο διάσημη, ίσως, τοιχογραφία του κόσμου.Στον απέναντι τοίχο υπάρχει μια τοιχογραφία του Μοντορφάνο που απεικονίζει τη Σταύρωση. (Το βλέμμα, όμως, δε στέκει εκεί, μεταπηδά αμέσως στο Μυστικό Δείπνο). Καλλιτεχνικά θεωρείται πιο μέτρια αν και διατηρήθηκε πολύ καλύτερα στους αιώνες, επειδή χρησιμοποιήθηκε η “πειθαρχημένη και σίγουρη” παραδοσιακή τεχνική.
Ακόμα, ο πρωτοπόρος Ντα Βίντσι καινοτόμησε με τη χρήση της προοπτικής μιας κεντρικής πρόσοψης της αίθουσας, που δίνει στον πίνακα ένα εντυπωσιακό αποτέλεσμα αίσθησης βάθους με το οποίο ο πραγματικός χώρος της τραπεζαρίας φαίνεται να επεκτείνεται μέσα στον πίνακα.
Με πιο απλά λόγια απ’ αυτά του ξεναγού, επειδή η τοιχογραφία μπαίνει στην αίθουσα ή η αίθουσα μέσα στην τοιχογραφία, μεταφέρεσαι χωρίς να το καταλάβεις στην άλλη μεριά του τραπεζιού με τα απομεινάρια του λιτού δείπνου και την ταραχή που προκαλεί η διάδοση των κακών νέων από τον Ιησού .
Ποιος θα προδώσει;
Ποιος άραγε είναι ικανός να διαπράξει κάτι τόσο ποταπό μετά απ’ τη μέθεξή του στο καλό;
Ποιος, από δικός κι άξιος εμπιστοσύνης, θα γίνει ξένος;
Ποιος μένει να τον ραίνουν με τα βάγια της γιορτής και φεύγει όταν ξεσπάσει η θύελα της κατακραυγής των ανθρώπων;
Ποιος στέκει δίπλα σύντροφος τον καιρό της ειρήνης αλλά λακίζει στη μάχη ;
Ποιός, αφού έχει νιώσει την αγάπη,μπορεί να την σκοτώσει;