Τό 559 ὁ Αὐτοκράτορας Ἰουστινιανός, θεραπευμένος ἀπό λιθίαση κάνοντας χρήση τοῦ νεροῦ τῆς Πηγῆς ἀνακαίνισε τόν ναό αὐτό μέ ὑλικά πού εἶχαν περισσέψει ἀπό τήν Ἁγιά Σοφιά. Ὁ ἀνακαινισμένος ναός ὅμως κατέπεσε μετά ἀπό σεισμό ὁπότε καί τόν ἀνοικοδόμησε ἐκ νέου ἡ Εἰρήνη ἡ Ἀθηναία. Ἀλλά καί μετά ἀπό νεώτερη πτώση του ἀνοικοδομήθηκε γιά τρίτη φορά ἀπό τόν Αὐτοκράτορα Βασίλειο τόν Μακεδόνα. Ἀργότερα πυρπολήθηκε ἀπό τόν ἀρχηγό τῶν Βουλγάρων Συμεών, ὁπότε καί ἀναγέρθηκε γιά 4η φορά ἀπό τόν Ρωμανό τόν Λεκαπηνό. Κατά τόν 6ο αἰῶνα ἀποτελούσε ἀνδρώα μονή, στήν ὁποία προσερχόταν ὁ Αὐτοκράτορας κάθε Πέμπτη τῆς Ἀναλήψεως.

Στόν περίβολο τοῦ ναοῦ αὐτοῦ ἔστησε τίς σκηνές του τό 1424 ὁ Σουλτάνος Μουράτ Β’. Κατά τήν Ἅλωση τῆς Κωνσταντινούπολης ὁ ναός καταστράφηκε καί τό ἁγίασμα καλύφθηκε. Ἀργότερα ὅμως ἐπετράπη στούς Χριστιανούς νά ἀποκαλύψουν τό ἁγίασμα καί νά ἐπανιδρύσουν μικρό προσκύνημα. Τό 1825 καταστράφηκε ἀπό τούς γενίτσαρους καί τό 1827 ἀνευρέθη ἡ Ἱερά εἰκόνα τῆς Θεοτόκου, εἰκονιζόμενη ὑπέρ τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς. Μετά ἀπό αὐτό, τό 1830 ὁ Σουλτάνος ἐπέτρεψε τήν νέα ἀνοικοδόμηση (5η φορά!) τοῦ Ναοῦ, ὅπως σήμερα διασώζεται, ἐπί Οἰκουμενικοῦ Πατριάρχη Κωνσταντίου Α΄ καί ἐγκαινιάσθηκε μετά ἀπό πέντε χρόνια.

Τό ἁγίασμα βρίσκεται στόν ὑπόγειο ναό καί ἀποτελεῖται ἀπό μαρμαρόκτιστη πηγή, τό νερό τῆς ὁποίας θεωρεῖται ἁγιασμένο.

Σέ ἀνάμνηση τῶν ἐγκαινίων τοῦ ναοῦ ἀπό τόν Αὐτοκράτορα Λέοντα, ἡ Ἐκκλησία καθιέρωσε τήν ἑορτή τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς, τήν Παρασκευή τῆς Διακαινησίμου Ἑβδομάδας.

Στόν προαύλιο χῶρο τοῦ μοναστηριοῦ βρίσκονται ἐνταφιασμένοι οἱ Οἰκουμενικοί Πατριάρχες καί λίγο πιό κάτω βρίσκεται καί τό Νεκροταφεῖο Μπαλουκλῆ, τό ὁποῖο ἐπίσης διαθέτει πολλούς τάφους ἐπιφανῶν καί μή ὁμογενῶν.

Τό νεκροταφεῖο τῶν Πατριαρχῶν ἔχει ἀντιμετωπίσει πολλές φορές δύσκολες περιόδους, ὅπως τό 1955 ὁπότε καί ὑπέστη ὁλοκληρωτική καταστροφή καί μαζική σύλληση τάφων.

Ἔκτοτε ἔγιναν μεγάλες καί ἐπίπονες προσπάθειες γιά νά ὑπάρξει ριζική 
ἀνακαίνισή του.

Γεροτάσος