Με το χρόνο τα μικρόβια γίνονται περισσότερο ανθεκτικά στα αντιβιοτικά και σε αυτό φταίμε εμείς: καταφεύγουμε σε αυτά, ακόμη και για μία απλή ίωση. Οι ιοί δεν διαθέτουν δικό τους μεταβολικό μηχανισμό, είναι δηλαδή κυτταρικά παράσιτα, οπότε, τα αντιβιοτικά δεν μπορούν να τους πλήξουν. Επιπρόσθετα, δεν μπορούμε να είμαστε βέβαιοι για την ποσότητα αντιβιοτικών που καταναλώνουμε γιατί οι εκτροφείς ζώων, εμπλουτίζουν την τροφή τους με αντιβιοτικά για να τα προφυλάξουν από βακτήρια και λοιμώξεις.
Οι ασθενείς που κάνουν κατάχρηση αντιβιοτικών είναι ευάλωτοι σε λοιμώξεις από ανθεκτικά παθογόνα μικρόβια, τα οποία μπορούν να μεταδώσουν στο περιβάλλον τους. Στο νοσοκομείο, η χρήση των αντιβιοτικών και η μικροβιακή αντοχή συνιστούν έναν φαύλο κύκλο που οδηγεί στη δημιουργία ακόμη πιο ανθεκτικών μικροβίων και κατ’ επέκταση στη χρήση ακόμη πιο προωθημένων αντιβιοτικών.
Όταν είναι πραγματικά αναγκαία η χρήση αντιβιοτικών – όπως για παράδειγμα στην στρεπτοκοκκική αμυγδαλίτιδα, πρέπει να επιλέγονται αντιβιοτικά με το στενότερο αντιμικροβιακό φάσμα- ώστε να μη δημιουργούνται ανθεκτικά στελέχη. Η αλόγιστη χρήση τους, έχει μειώσει την αποτελεσματικότητα τους στο κολοβακτηρίδιο, τη συχνότερη αιτία των ουρολοιμώξεων. Πρόσφατη μελέτη στον Καναδά, έδειξε ότι όσοι παίρνουν πολλά αντιβιοτικά έχουν μεγαλύτερες πιθανότητες να εμφανίσουν τη φλεγμονώδη νόσο του εντέρου, η οποία εκδηλώνεται με δυο κυρίως μορφές – τη νόσο του Crohn και την ελκώδη κολίτιδα.