Είχε περάσει καιρός από την μεγάλη πολιορκία του 1480. Ο μεγάλος εχθρός της, ο Μωάμεθ ο Πολιορκητής, είχε πεθάνει τον Μάη του 1481. Το 1482 θα φτάσει στη Ρόδο ο γιος του Μωάμεθ Τζέμ, φεύγοντας από τον μεγάλο του αδελφό Βαγιαζήτ που ανέβηκε στον θρόνο. Ο Τζεμ θα γίνει περιζήτητο διπλωματικό παιχνίδι από τους ηγεμόνες της Δύσης και τον Βαγιαζήτ, που θα προσφέρει ειρήνη στους Ιππότες προκειμένου να κρατήσουν τον αδελφό του στη Ρόδο. Για την ιστορία, ο Τζεμ θα πεθάνει δηλητηριασμένος στα χέρια του Καρόλου Η’ της Γαλλίας, στις 24 Φεβρουαρίου 1494.
Με την ειρήνη η Ρόδος θα γνωρίσει νέα άνθηση και θα φτάσει σε εντυπωσιακό επίπεδο ευημερίας και δύναμης. Η φήμη της θα απλωθεί παντού.
Κι ύστερα, τον Οχτώβρη του 1498, ακριβώς πριν 515 χρόνια, από ένα καράβι που έδεσε εκεί στην “Κολόνα” θα ξεμπαρκάρει η πανούκλα!
20 μήνες κράτησε η επιδημία. Καταστροφή κι ερήμωση παντού. Στο ποίημά του “το Θανατικόν της Ρόδου” ο Ροδίτης λόγιος της εποχής Εμμανουήλ Γεωργιλλάς ο Λιμενίτης, αφού μας πληροφορήσει ότι…
“… Θνήσις και μόρος εκ Θεού και παίδευσις εκ τούτου
θανατικόν επέσωσεν εις το νησίν της Ρόδου…”
προχωράει στην περιγραφή της συμφοράς όπου
“… εχορταριάσαν τα στενά κι οι ρύμες ασχημήσαν…”
Το τέλος του “θανατικού” γιορτάστηκε στις 24 Ιουνίου 1500, ημέρα, ποιανού αλλού, του Άγιου Ιωάννη.