Το ίδιο απόγευμα, για πρώτη φορά σε δυο αιώνες, υποστέλλεται η κόκκινη σημαία με τον λευκό σταυρό που κυμάτιζε στον ιστό του Καστέλλου. Στο λιμάνι πενήντα περίπου πλοία κάθε λογής είναι έτοιμα να σαλπάρουν μεταφέροντας τους Ιππότες και όσους Ροδίτες μπόρεσαν να εξασφαλίσουν θέση σ΄αυτά -κάπου 5.000 ψυχές. Καθώς βραδυάζει ο Μέγας Μάγιστρος Philippe Villiers de l’ Isle-Adam επιβιβάζεται στο Μεγάλο Καράκ, την Santa Maria.
Αφού θα περιπλανηθούν στην Δύση και αφού θα προσπαθήσουν να επιστρέψουν στην Ρόδο οργανώνοντας μιαν αποτυχημένη επανάσταση, το Τάγμα του Άγιου Ιωάννη της Ιερουσαλήμ και της Ρόδου θα κατασταλάξει στην Μάλτα. Εκεί θα εγκατασταθούν και οι περισσότεροι απο τους Ροδίτες που ακολούθησαν τους Ιππότες κι εκεί σήμερα ζουν οι απόγονοί τους. Στα επόμενα 250 περίπου χρόνια οι Τούρκοι θα έχουν πολλές φορές την ευκαιρία να μετανοιώσουν που άφησαν τους Ιππότες να φύγουν όπως έφυγαν. Στο διάστημα αυτό το Τάγμα θα αποτελέσει βασικό παράγοντα σε κάθε σχεδόν ναυμαχία χριστιανικών δυνάμεων ενάντια στον Οθωμανό. Οι γαλέρες του Τάγματος θα καθαρίσουν την Μεσόγειο απο τους φοβερούς πειρατές της Μπαρμπαριάς και, δρώντας και οι ίδιοι ως πειρατές, θα περιορίσουν στο ελάχιστο τις κινήσεις των Οθωμανικών εμπορικών πλοίων.
